Как известно, центром всей информации в 1С являются метаданные. Именно в них кроется вся информация о конфигурации.
В отличие от многих других систем, доступ к метаданным 1С возможен только из самой платформы и это делает 1С очень закрытой системой и J1C исправляет это.

Как и в самой платформе, в которой метаданные доступны программно, в J1C метаданные так же есть. К ним можно программно обращаться и это позволяет, в частности, писать программы на Java-J1C "универсально" - т.е. писать код, которые будет работать с изначально не известной конфигурацией.

Надо заметить, что J1C полностью сама берет на себя разбор метаданных конфигурации.
Как преимущество метаданные J1C предоставляет разработчику большую информацию, чем метаданные 1С. Это касается внутренних идентификаторов объектов, некоторых предопределенных объектов.
Кроме того, метаданные объекта всегда можно получить из ссылочного объекта ему соответствующего (в стиле 8-ки). Если разработчику не удобно использовать ссылочные объекты и он хочет реализовать какой либо свой собственный функционал, он может использовать только метаданные и на основе их обращаться к базе напрямую самостоятельно (конечно, тогда разработчик берет все ответственность на себя за это). В любом случае, J1C сама использует метаданные.